بعد از اینکه مدفن حضرت شکل زیارتگاه به خود گرفت و تبدیل به یک مکان مقدس و مطهر و ملکوتی شد در بازه هایی از تاریخ از سوی ستمگران وقت و آنهایی که با شیعیان و مکانهایی که آنها مقدس می دانستند عداوت داشتند، این حرم مطهر مورد بی ادبی و هتک حرمت قرار گرفت. به آنها در این پست اشاره خواهیم نمود:
حمله شدید تیمور گورکانی(تیمور لنگ) و ویران ساختن و قتل و غارت وسیع شهر قم
همچنین حمله افغانیها و تخریب دوباره شهر و حرم مطهر چنانچه در این زمان یکی از جهانگردان اروپایی در وصف قم چنین می نویسد:
"از قم فقط توده ی خاکی به جا مانده است"
در دوران معاصر،رضا خان پهلوی در اقدامی بی شرمانه زنان و دختران فاسد و بدون پوشش را وارد آستانه مقدس به قصد بی حرمتی به حرم شریف آن هم در چه زمانی در ماه مبارک رمضان! چنانچه مردم دیندار قم با اعتصاب و اعتراضات شدید این حرکت را محکوم کردند و بعد از این جریانات باز هم رضا خان به قم می آید و این بار بی ادبی او به ساحت این حرم شریف و زائران آن آشکارتر می گردد و در حضور مردم روزه دار و در آستانه حضرت معصومه حرمت این حرم را زیر پا می گذارد و اقدامات فجیع و تاسف باری را در تاریخ حکومت خویش برجای می گذارد.
بی شک کسانی که ننگ هتک حرمت بانوی بهشتی و بی احترامی به مهبط انوار الهی و فرشتگان آسمانی را به کوله بارشان افزودند علاوه بر عذاب الیم و دردناک پروردگار و فصاحت و رسوایی این عمل را برای خود خریدند.
